Byggt á vinsælum otome leik fylgir Hakuouki Chizuru og Shinsengumi í öðrum veruleika. Chizuru ferðast til Kyoto í leit að föður sínum sem saknað er en eftir að hafa verið þátttakandi í atviki endaði það að hún var tekin inn af Shinsengumi þar sem hún hittir félagana þar á meðal hin frægu Hijikata Toshizo og Okita Soshi. Faðir Chizuru stundaði rannsóknir stjórnvalda til að styrkja Shinsengumi og þróaði ochimizu. Ochimizu er uppskrift sem gefur púkum eins og styrk og endurnýjunáhrif en þegar notandinn hefur verið tekinn upplifir hann mikinn sársauka og breytist að lokum í blóðsultandi skrímsli.
Í tilraun til að verja Chizuru tekur Hijikata ockimizu og þó að ástandið hafi bjargast er hann nú fyrir barðinu á veikindunum. Okita neyðist einnig til að taka formúluna þegar berklar hans koma í veg fyrir að hann verji Chizuru og sjálfan sig. Með því að bera ábyrgð á gerðum sínum verður Chizuru að berjast gegn hjálparleysi hennar og finna kjark til að styðja Shinsengumi.
