Bræðurnir framkvæma bannaða gullgerðarfræðilega aðferð við umbreytingu manna í því skyni að endurvekja hana þegar Trisha deyr úr pestinni. Fyrir vikið snýst umbreytingin aftur og í lögum með jöfnum skiptum er vinstri fóturinn og allur líkami Alphonse af Edward eyðilagður. Edward missir hægri handlegg sinn til að bjarga sál Alphonse og bindur hana með blóðþéttingu í herklæði. Roy Mustang býður Edward að verða aðferð til að endurheimta lík Alphonse til rannsóknar hjá Alkemistum ríkisins. Edward sigrar og verður nafnið samkvæmt stoðlimum hans, Fullmetal Alchemist.
Þremur árum síðar leita Elrics að hinum goðsagnakennda heimspekisteini til að átta sig á markmiðum sínum. Marcoh sendir minnispunkta sína til að finna hjá þeim, en þeir læra hins vegar nauðsynlegan þátt til að raunverulega færa steininn mannfórnir. Félagi Mustang, Maes Hughes, heldur áfram rannsóknum sínum en er skotinn til bana með dulbúnum öfund fyrir að finna aðferðir Homunculi.
Að sjá með Izumi lærðu Elrics mannleg umbreyting á henni á andvana fæddu barni sínu. Hinn skúrki homunculus græðgi fangar Alphonse en er vistað af Bradley forseta Amestris, sýnt að hann starfar sem homunculus reiði. Græðgi er þannig brætt niður og frásogast aftur inni í upphafsmanni föður Homunculi. Winry og Elrics snúa aftur til Central City til að fara til Hughes en læra af fráfalli hans. Maria Ross, undirforingi, er rammaður fyrir manndráp Hughes en er greinilega drepinn af Mustang. En þó lærir Edward að brottför Ross var sviðsett svo hún geti smyglað Mustang frá Bandaríkjunum til Xing, hjálpað Xingese prinsinum Ling Yao. Edward sameinast Hohenheim á ný en fyrirlítur hann fyrir langa fjarveru í búsetu.
Eftir því sem frásögninni vindur fram koma söguhetjurnar ítrekað á Homunculi. Mustang drepur losta; Mustang og Ling fangar Gluttony, en þó endar hann með að neyta Envy í núll sitt og Edward, Ling-eins og magi. Gluttony tekur Alphonse til fundar við föður, en Ling breytist til hægri í homunculus, sérstaklega nýjasta mynd Græðginnar, þegar hinir flýja úr maga Gluttony. Elrics er látinn laus til að halda áfram leit sinni að því tilskildu að faðir sé ekki á móti þeim.
Olivier Armstrong hershöfðingi fann neðanjarðargöng undir Briggs og fann föður og Elrics hafa verið að búa til þjóðlegan umbreytingarhóp og ætlar að gefa þegnum sínum svo hann geti farið upp til guðdóms. Græðgi jafnar sig svíkur minningar föðurins og fyrri sjálfs hans, í liði með eftir, og Edward, kimeraverðir Kimblee Hohenheim. Hohenheim opinberar sonum sínum hver fyrir sig að hann sé ekki dauðlegur, breytti rétt í lifandi stein heimspekings af föður fyrir fjögur hundruð árum aftur í tímann.
Fyrirheitadagurinn rennur upp og faðir býr sig undir að hefja stefnu sína með sólmyrkvann og þeir sem reyndu að umbreytast í mönnum sem fórnir hans sem eru nauðsynlegar. Hinar ýmsu söguhetjur stangast á við náunga föðurins og allir Homunculi renna út. Í kjölfar nauðungar Mustang, sem og Elrics, Izumi, Hohenheim er safnað þar sem orsakir pabba virkja innlend umbreyting. Engu að síður virkja Scar og Hohenheim Amestriana til bjargar með mótaðgerðum. Græðgi er eyðilögð af föður, þó að pabbi standi frammi fyrir ofan jörðu þar sem söguhetjurnar berjast við hann til að rífa niður heimspekinginn.
Alphonse, sem herklæði er allt að því eyðilögð í síðustu átökum gegn föður, gefur anda sinn til að endurheimta hægri handlegginn, sem aftur eyðileggur stein föður síns og sendir hann aftur að hinu jarðneska Sannleiksgátti Edward. Edward missir mátt sinn til að gera gullgerðarlist til að endurheimta sál og líkama Alphonse. Hohenheim sér gröfina þar sem hann deyr með glott af Trisha.
