Árið 2065 er jörðin í miðju stríðs við viðbótarvíddar geimverur sem kallast Nova. Herinn þróar og þjálfar Pandoras, dætur sem geta nýtt sér sérstakan erfðavef sem kallast Stigmata (Seikon) til að sýna ofurmannlega baráttuvopnakerfi og færni. Stuðningur við Pandoras eru karlkyns félagar sem kallast Limiters, sem nota sérstök „frystingu“ vald til að takmarka frelsi samkeppni þeirra.
Einhver þessara takmarka er Kazuya Aoi, en látin systir hennar var Pandora. Kazuya kynnist sterkri Pandora, Satellizer el Bridget, kallað Ósnertanleg drottning, vegna ómaklegs stíls síns og öfgafullrar faraldurs þegar hún sótti West Genetics Academy í Japan. Þrátt fyrir viðvaranir skólasystkina hans um að koma sér undan Satellizer er hún vinguð við Kazuya og biður um að vera takmarkari hennar. Satellizer samþykkir að umgangast hann, jafnvel þó að hún lendi fljótt í samkeppni í ástarsambandi að nafni Rana Linchen, sem telur Kazuya vera sálufélaga sinn eftir að hafa stutt hana í nokkrum slagsmálum gegn andstæðingum háskólans um breytta stöðu og námskeið. Þegar Novas ráðast á háskóla þeirra sem nota Pandoras undir þeirra stjórn til að fá aðgang að rannsóknarstofu stofnunarinnar neðanjarðar, er keppni þeirra hafnað.
Satellizer og Kazuya sameina nokkra af West Genetics nemendum á rannsóknarstofu í Alaska, þar sem þeir geta verið til að aðstoða við Evolution Pandora (E Pandora) verkefnið, sem gerir venjulegum konum kleift að fá Stigmata ígræðslu til að verða Pandoras. Þegar einn meðal E Pandoras gengur berserksgang, hinir gefa út hvort lyfin í tilraununum séu ekki hættuleg, heldur séu þau gerð til að hlýða óskum fyrirtækjasamtakanna sem og stjórnandans. Þegar E-Pandora Amelia Evans hefur komist að því að þangað til þeim hefur verið eytt, stýrir þeir uppreisn sem stigmagnast í fullu á Nova Clash.
Kazuya fræðist meira um tengsl fjölskyldu sinnar við Nova sem og Pandora. Afi Kazuya, Gengo Aoi, fann sama starf og það setur Rana og Satellizer í einstakt teymi með konum sem kallast Valkyries. Engu að síður, meðan á sýnikennslunni stendur með sérhannaðri Nova sem er dúlla, eru blekkingar upplifðir af Pandoras, auk dúllunnar Novas, verða hundraðshluti Nova sem tignar erfðafræði. Gengo vinnur gegn þessu með því að leysa úr læðingi Legendary Pandoras sem eru frænkur Kazuya. Tilraun Chevalier til að myrða Gengo þar sem nokkrir dæmdir eru starfandi og kallast Busters, þegar nokkrir af þjóðsögulegum pandorum breytast í banvæna Novas, en verkefnið fellur í sundur.
